El día 10 de agosto de 1557 el ejército español venció en San Quintín a las tropas francesas. Para conmemorar esta victoria Felipe II mandó construir un importante templo dedicado al santo del día, San Lorenzo, cuyas obras comenzaron cinco años después.
Felipe II prohibió a los obreros que construían el Monasterio empadronarse en el lugar. Pero, dos siglos más tarde, Carlos III notando la falta de alojamientos y comodidades para la multitud de seguidores de la Corte que tenían que quedarse en la Villa vecina de El Escorial y subir y bajar constantemente la penosa cuesta, autorizó en 1767 la construcción de viviendas a particulares en las cercanías del Monasterio, comenzando así a formarse el que hoy es el municipio de San Lorenzo de El Escorial. En 1792 se declara Real Sitio de San Lorenzo como población nueva por Cédula Real otorgada por Carlos IV, señalándose los términos y dotándola de de jurisdicción civil, criminal y administrativa. Para entonces contaba ya con más de un millar de habitantes. Supuso la segregación dehecho de la Villa de El Escorial.
A esta emancipación civil no tardó en seguir la eclesiástica y así el 9 de noviembre de 1806 es desmembrada definitivamente de la iglesia parroquial de San Bernabé la nueva de San Lorenzo, mártir. Hasta mediados del siglo XX se utilizó como templo parroquial la Capilla de Laborantes del Monasterio. Fue en esa época, y gracias a una donación, cuando se construyó el actual Templo.